從古代起，傳染病與非傳染病都有大規(guī)模的發(fā)生，但傳染病的流行危害更大，所以觀察較多的是傳染病的流行。

中國古代殷墟甲骨文（距今3000多年前）已有“蟲”、“蠱”、“瘧疾”及滅蟲的記載。公元前2300余年，中國的《史記》已用“疫”、“大疫”表示疾病的流行。當(dāng)時西方的Hippocrates用“流行病”表示疾病流行。這些也許可以認(rèn)為是流行病學(xué)的“萌芽”。

在長期疾病流行作斗爭時，積累起對疾病流行的認(rèn)識。人們開始推測是什么病原引起流行性疾病。中國古代認(rèn)為“蟲”（如認(rèn)為肺結(jié)核是“癆蟲”引起，疥是疥蟲引起的）、“戾氣”“癘氣”、（公元217年）、“風(fēng)”等等。西方Fracastoro(1546年）發(fā)表了《傳染物》一書，但直到19世紀(jì)中葉，活的傳染物的學(xué)說才在西方得到廣泛承認(rèn)。

16～18世紀(jì)（相當(dāng)我國明朝中葉到清朝中葉）歐洲進(jìn)入資本主義發(fā)展時期（文藝復(fù)興），科學(xué)迅速發(fā)展。Pasteur Koch奠定與發(fā)展了微生物學(xué)與免疫學(xué)，對于傳染病的流行病學(xué)起了促進(jìn)作用。隨著統(tǒng)計學(xué)的發(fā)展，許多統(tǒng)計方法被引入流行病學(xué)。

19世紀(jì)末20世紀(jì)初，流行病學(xué)有了飛速的發(fā)展。John Snow對倫敦霍亂的分析是流行病學(xué)發(fā)展史中重要的一頁，有人將其工作認(rèn)為現(xiàn)在流行病學(xué)的開始。

我國近代流行病學(xué)可以認(rèn)為始于伍連德（1877～1960年）。他對鼠疫、霍亂均有專著，確定旱獺為鼠疫的傳染源之一。1910～1911年發(fā)生在我國東北的鼠疫流行，經(jīng)調(diào)查研究伍連德證實為肺鼠疫流行。

20世紀(jì)中葉Stallybrass形成了系統(tǒng)的有關(guān)傳染病流行病學(xué)的理論，并有專著出版。隨著病毒學(xué)的發(fā)展，新發(fā)現(xiàn)了許多病毒學(xué)傳染病，于20世紀(jì)80年代發(fā)現(xiàn)了艾滋?。ˋIDS）。隨著分子生物學(xué)的發(fā)展，形成分子流行病學(xué)的分支。

20世紀(jì)50年代Dell及Hill在英國對吸煙與肺癌的關(guān)系開展了系統(tǒng)的流行病學(xué)研究，引入了隊列研究方法。其工作被Beaglehole譽(yù)為是當(dāng)代流行病學(xué)的開端。

從70年代起我國已逐步重視并開展非傳染病的流行病學(xué)研究。

1977年WHO提出：“到2000年人人享有衛(wèi)生保健（HFA）?！?978年提出保證完成HFA的主要途徑是發(fā)展初級衛(wèi)生保?。╬rimary health care）。1989年世界衛(wèi)生大會強(qiáng)調(diào)在監(jiān)察及評價HFA的進(jìn)展時應(yīng)用流行病學(xué)方法。

1989年建立中國臨床流行病學(xué)工作網(wǎng)，1995年組建了藥物流行病學(xué)專業(yè)委員會。流行病學(xué)目前在我國醫(yī)學(xué)中已成為一門重要的學(xué)科。